El Real Colegio de Caciques San Francisco de Borja fue una institución educativa del Cusco colonial, especializada en la educación de la nobleza inca. El colegio estaba destinado a la educación de los hijos mayores de los caciques desde temprana edad con el fin de alejarlos de la "idolatría" de sus padres, integrarlos a la religión católica y a la vida hispana y para que dejaran de lado sus costumbres, ritos y mitos.

Desde 1972 el inmueble que actualmente ocupa el colegio y que es el mismo que ocupó en el siglo XVIII forma parte de la Zona Monumental del Cusco declarada como Monumento Histórico del Perú.​ Asimismo, en 1983 al ser parte del casco histórico de la ciudad del Cusco, forma parte de la zona central declarada por la UNESCO como Patrimonio Cultural de la Humanidad.​