L'université Marie-et-Louis-Pasteur (UMLP), anciennement université de Franche-Comté, est une université française fondée en 1423, établissement public expérimental (EPE), dont le siège est à Besançon. Elle est constituée de 12 composantes qui sont soit des unités de formation et de recherche (UFR), plus communément appelées facultés, soit des écoles ou des instituts. Elle est répartie sur six sites en Franche-Comté : Besançon, Belfort, Montbéliard, Vesoul, Lons-le-Saunier et Dole.

Elle comprend 28 unités de recherche qui sont soit des équipes d'accueil (EA), soit des unités mixtes avec de grands organismes de recherche comme le CNRS et l'INSERM, et parfois avec d'autres établissements d'enseignement supérieur. Les thématiques de recherche se répartissent entre les sciences de l'environnement et de la santé, les sciences de l'homme et de la société et les sciences pour l'ingénieur et sciences fondamentales.

Elle délivre des diplômes de DUT, BUT, licence, licence professionnelle, master, doctorat, ainsi que des diplômes d'université (DU ou DIU), et un diplôme d'ingénieur. Certains de ces cursus peuvent s'effectuer en alternance et tous sont ouverts à la formation continue.

Elle compte 29 000 étudiants, dont près d'un tiers de boursiers et 12 % d'étudiants étrangers.

Le 1^er avril 2015, l'université de Franche-Comté intègre la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne - Franche-Comté (COMUE UBFC). Depuis le 1^er décembre 2024, l'université de Franche-Comté et la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté sont remplacées par l'université Marie-et-Louis-Pasteur.

L'université de technologie de Belfort-Montbéliard (UTBM) et l’École nationale supérieure de mécanique et des microtechniques (Supmicrotech) sont des établissements composantes de l'université Marie-et-Louis-Pasteur. L’École nationale supérieure d'arts et métiers (ENSAM) au titre de son Campus de Cluny, le centre hospitalier universitaire de Besançon, l'Institut supérieur des beaux-arts de Besançon (ISBA), l’École supérieure des technologies et des affaires (ESTA) de Belfort, l’Établissement français du sang (EFS) et le centre régional des œuvres universitaires et scolaires de Bourgogne-Franche-Comté (CROUS) sont associés à l'université Marie-et-Louis-Pasteur.

L'établissement porte le nom du scientifique Louis Pasteur, originaire de Franche-Comté, et de son épouse, Marie Pasteur, qui l'assista activement.